Правила работы с микроскопом и его настройка
Если вы желаете приступить к изучению микромира, вам следует изучить правила работы с микроскопом. Независимо от того, какой инструмент у вас будет, общие принципы обращения с ним выглядят примерно одинаково. Конечно, при работе с разными видами техники (биологическим, стереоскопическим и, наконец, цифровым микроскопом) есть ряд отличий и нюансов, но в целом алгоритм действий при настройках и работе не сильно меняется.
Как настроить микроскоп?
У инструментов, которые не относятся к простым «детским игрушкам», окуляры и объективы устроены так, что в них имеется по две линзы и более. Такая оптическая конструкция позволяет избежать искажений и даёт чёткую картинку. Её можно регулировать с помощью разных элементов микроскопа. Научиться этому вы сможете, воспользовавшись простым алгоритмом действий. Рассмотрим его подробнее на примере работы с простым биологическим микроскопом:
- осмотрите ваш инструмент. Если на нём есть пыль, его нужно аккуратно протереть с помощью мягкой салфетки, уделяя особое внимание оптическим элементам в объективе;
- поставьте микроскоп перед собой. Всю работу выполняйте сидя. Ориентируясь на край стола, выберите максимально удобное положение, отступив примерно 2-3 сантиметра от его края;
- откройте диафрагму;
- если в микроскопе есть конденсор, его надо поднять вверх;
- начинайте исследования объекта с минимального увеличения. Для этого поставьте в микроскоп соответствующий окуляр;
- поработайте с объективом: опустите его так, чтобы между ним и предметным стеклом оставалось около 1 см;
- отрегулируйте свет, используя зеркальце или электрическую подсветку (верхнюю или нижнюю, в зависимости от типа и модели вашего микроскопа);
- положите на предметный столик препарат, который вы хотите рассмотреть;
- следите сбоку за движением объектива. Работая макровинтом, одновременно опускайте объектив вниз. Когда расстояние между препаратом и линзой объектива снизу станет 4-5 мм, вращение макровинта можно прекратить.
Теперь смотрите одним глазом в окуляр и вращайте винт грубого наведения к себе. Таким образом объектив поднимется до того уровня, который позволит вам хорошо рассмотреть препарат.
При работе с любым микроскопом соблюдайте важную меру предосторожности. Никогда не смотрите в окуляр, одновременно опуская объектив. Опускать его всегда нужно, следя за процессом сбоку, чтобы покровное стекло и линза всегда находились на безопасном расстоянии друг от друга.
Если вы хотите больше увеличить изучаемый объект, выберите один из его участков и поместите его в центре поля зрения микроскопа. Смените окуляр на увеличение до 40, поставив револьвер в рабочее положение. Хорошего изображения вы добьётесь, вращая микрометренный винт так, чтобы его точка всё время находилась между двумя рисками, не выходя за их пределы.
Как работать со стереомикроскопом?
В отличие от «классического» биологического микроскопа стереомикроскоп оснащён двумя окулярами, а диапазон увеличения у него не такой большой. Он может колебаться от 10 до 100 крат, хотя есть более «продвинутые» модели, увеличивающие объект и в 200 крат.
При работе со стереомикроскопом вам не потребуется постоянно прищуривать один глаз, потому что инструмент оснащён двумя окулярами. При этом, изображение вы сможете увидеть под разными углами и в «режиме» трёхмерного пространства. В качестве освещения используйте подсветку сверху. Подавляющее большинство стереомикроскопов оснащены именно ею, однако есть модели, оборудованные несколькими видами подсветки (нижней и даже боковой).
Скорее всего, вам достанется стереомикроскоп, у которого есть поворотная револьверная головка. С её помощью вы сможете устанавливать увеличение на выбор (одно из двух). Есть инструменты, имеющие фиксированное увеличение.
Стереомикроскопы лучше использовать для того, чтобы изучать непрозрачные объекты (минералы, металлические и деревянные изделия, крупные насекомые и многое другое). Также они могут использоваться с целью ремонта электронных плат или часовых механизмов.
Так ли сложен цифровой микроскоп?
Как пользоваться микроскопом, если речь идёт о цифровом инструменте? Главная задача цифрового микроскопа — преобразовывать визуальную информацию в цифровую и выводить оцифрованное изображение на экран компьютера. Это значительно облегчает процесс наблюдений, особенно если в них принимают участие несколько человек.
Прежде всего, вам понадобится установить на компьютер соответствующее программное обеспечение. Установить его просто: нужно вставить диск в дисковод и следовать командам, которые появляются на экране. По окончании всех операций на рабочем столе вашего ПК появится новый ярлычок.
После установки ПО необходимо:
- перезагрузить компьютер;
- включить микроскоп;
- взять USB-кабель;
- вставить его в USB-порт компьютера;
- подождать, пока компьютер обнаружит новое устройство;
- запустить программное обеспечение;
- включить освещение микроскопа;
- подготовить микропрепарат, зафиксировав его на предметном столике;
- отрегулировать увеличение;
- приступить к наблюдениям.
Перед установкой программного обеспечения нужно узнать, совместимо ли оно с той операционной системой, которая установлена на вашем компьютере. Если с совместимостью всё в порядке, с установкой и настройками проблем возникнуть не должно.
Независимо то того, с каким микроскопом вы будете работать, помните о том, что одним из главных критериев успешных наблюдений является хорошая оптика. Также и качество управляющих элементов является не менее важным. Именно поэтому к выбору следует подходить объективно, чтобы в будущем совершать для себя интересные и познавательные открытия.
Источник
Что можно «выжать» из usb-микроскопа
Слева — «сырые» кадры с устройства. Справа — обработка.
В этой статье постараюсь добиться максимального качества макроснимка от типичного usb-микроскопа. Такие устройства – не предназначены для получения художественных фотографий. Их задача — позволить быстро и легко рассмотреть мелкие детали предмета. Однако я постараюсь специальными условиями съемки, постобработкой и некоторыми другими способами отчасти нивелировать эти недостатки.
Статья написана «Just for Fun» и по сути является рассказом о пути поиска лучшего результата. Не стоит рассматривать ее как рекомендацию. Если вам нужна хорошая макрофотография — лучше всего воспользоваться для этого специальной аппаратурой.
USB-микроскоп
Само по себе устройство микроскопа достаточно типично для устройств этого класса. Web-камера закрепленная на подставке оснащена набором из 8 светодиодов для подсветки снимаемого объекта, и двумя поворотными дисками для регулировки фокуса и степени освещенности.
Микроскоп устанавливается на стол, включается подсветка, и под объектив кладется исследуемый предмет. После чего необходимо навести фокус, и с помощью программы из комплекта поставки — сделать снимок или записать видео. Фотографии сохраняются в формате jpg, а видео в формате avi (без сжатия).
Так как статья об этом устройстве уже публиковалась на geektimes.ru (рекомендую ознакомиться, в статье много классных фотографий и сравнений) то я не буду больше повторяться описывая само устройство и его функционал.
Для целей этой статьи достаточно знания того, что внутри устройство представляет собой web-камеру с дополнительным модулем подсветки и регулировки фокуса. Позволяет в реальном времени просматривать на компьютере изображение с увеличением в 20-200 раз, и имеет разрешение матрицы 1600*1280 пикселей.
Остальные характеристики устройства особого значения не имеют, но я еще скажу о нем несколько слов в конце статьи.
Часть 0. Снимок
Итак, первым делом необходимо получить изображение для обработки. Для этого можно воспользоваться стандартным приложением «MicroCapture» входящим в комплект поставки. Или любым другим, позволяющем захватывать кадры с web-камеры.
В качестве тестового изображения я использовал кусочек ткани, на нем хорошо заметны все типы артефактов.
Все кадры в статье я буду сохранять с разрешением 1600*1280 пикселей, так как это «родное» разрешение камеры. Использовать другое разрешение не имеет смысла, если мы хотим получить максимальное качество фотографий, т.к. алгоритмы интерполяции уничтожат часть информации и затруднят работу с шумами.
Посмотрим полученное изображение в 100% масштабе.
Видно что фотография сильно зашумлена. Начнем.
Часть первая. Динамический шум
Вся фотография, по сути основана на взаимосвязи трех главных параметров: чувствительности матрицы (ISO=100,200,400,… и т.п.), выдержки (задает время которое свет попадает на матрицу) и диафрагмы (размеру «окна» через которую свет падает на матрицу). Эти три числа определяют сколько света попадет на матрицу, и с какой погрешностью этот свет будет «оцифрован».
Шумы возникают из-за недостатка чувствительности матрицы. Можно представить (хоть это не совсем верно), что чувствительность, это просто коэффициент на который умножаются все данные пришедшие с матрицы. Понятно, что чем меньше света пришло на матрицу из за закрытой диафрагмы или короткой выдержки – тем на большее число нужно будет умножить данные с матрицы для того чтобы сохранить приемлемую яркость итоговой картинки, и тем больше будут заметны погрешности работы матрицы – т.е. шум.
Чтобы уменьшить шум – нужно понизить ISO (чувствительность), а для этого – либо больше открыть диафрагму, либо увеличить выдержку.
Но тут мы сталкиваемся и техническим ограничением – у данной web-камеры, как и у большинства других – чувствительность матрицы вообще не изменяется. Диафрагма – нерегулируемая, а выдержка – просто регулирует количество света. И именно ее меняет программа подстраиваясь под уровень освещенности.
Можно усилить внешнюю подсветку – но тогда придется сократить выдержку. Можно уменьшить подсветку – тогда выдержка увеличиться. В любом случае, фактическое количество света на матрице будет равным и соответственно шумы будут всегда одинаковыми (в темноте света недостаточно и сигнал с камеры просто умножается на коэффициент усиления, что приводит к еще большим шумам).
Итак. Мы не можем увеличить выдержку средствами камеры, значит остается делать это в обход нее. К примеру, можно сохранить несколько кадров, а потом склеить их в один, найдя среднее арифметическое для каждого пиксела. А еще лучше записать видео, из сотен кадров… Попробуем:
Изображение стало однозначно лучше, практически исчез «мелкий» шум. Но качество по-прежнему оставляет желать лучшего, остались яркие точки (3 из них выделены на рисунке желтыми полосками).
Дело в том, что шум создается случайными отклонениями от цвета который матрица считает «правильным». Но для дешевых матриц которые ставят в web-камеры – это «правильное» значение может быть ошибкой. Иными словами, математическое ожидание отклонений не стремиться к нулю.
Это можно легко увидеть если «склеить» ровную картинку, например, полностью расфокусировав изображение, чтобы не мешали лишние детали.
Один кадр. По клику — оригинал
Среднее из 200 кадров. Яркость увеличена в 2 раза, для наглядности.
Как видим шумы очень значительны. Некоторые пиксели вообще битые, другие образуют полосы и зоны искаженной цветопередачи. Если удаленный шум можно назвать динамическим, то этот – постоянный, или статический. Попробуем снять и его.
Статический шум
Первая мысль – можно использовать полученное выше изображение для коррекции кадра. Просто вычтем из изображения средний цвет и прибавим серый и увеличим контраст в 2 раза. В итоге получим изображение, наложив которое на любой кадр – мы отчасти сократим помехи.
Подобный принцип используется при постобработке в некоторых камерах, но в целом — это плохое решение. Битые пиксели – это отсутствие информации, и что бы мы на них не накладывали – информация ниоткуда не возьмется.
Частично рабочие пиксели – вызывают в лучшем случае сокращение динамического диапазона цветов, а в худшем – полное искажение цвета.
Другое решение – «распределить» влияние каждого пикселя матрицы по нескольким пикселям итогового изображения. Этого можно добиться если смещать снимаемый объект в небольших пределах, а потом «склеить» изображения учитывая смещения. Так чтобы каждая точка объекта представлена была только в одном пикселе совмещенного изображения.
Двигая кусочек ткани руками я получил такое изображение:
Для того чтобы склеить такие кадры – нужно вначале «стабилизировать» изображение, добиться полной неподвижности. Это можно сделать проанализировав движение, например, с помощью OpenCV, но я пошел по более простому пути – выполнив трекинг в сторонней программе.
После трекинга в AE, и «склейки» кадров моей утилитой – получим такой результат.
Заметно что шума нет, но появилось неприятная смазанность, вызванная тем, что при смещении изображение дрожало и размывалось.
Попробуем определить степень размытости изображения, чтобы исключить из склейки смазанные кадры. Для этого я пошел самым простым путем – вычислял сумму разницы между всеми соседними пикселями изображения. Чем более смазано изображение – тем более близки по цвету соседние пиксели, а значит общая сумма модулей разности – даст некую оценку размытости кадра. График размытости по тестовой выборке будет выглядеть так:
Хорошо видны зоны где я двигал изображение, и оно размазывалось (график в этих местах на несколько кадров опускается вниз). Отсекая смазанные кадры можно немного улучшить картинку, но значительного изменения не будет, движения слишком резкие. Я хотел еще улучшить результат, поэтому пошел дальше.
Автоматизация
Предпосылкой к дальнейшему явилось то, что у меня случайно оказался шаговый двигатель 28BYJ-48. Пусть лучше он двигает объект перед микроскопом. Для теста вполне достаточно сделать простой вращающийся рабочий стол.
Преимущества в отсутствии смазывания, и возни с дрожаниями, уходящим фокусом и т.п. Конечно удобнее всего закрепить двигатель прямо к микроскопу, для чего пришлось распечатать крепление, состоящее из трех фрагментов:
Но даже в таких условиях трекинг далеко не идеальный. При увеличении становится существенным rolling shutter и перспективные искажения, что приводит к искривлению картинки которые невозможно решить трекингом (пришлось переключиться на трекинг в Mocha, но всех проблем это не решило). Отчасти проблемы можно нивелировать если сравнивать все кадры последовательности с первым, и при наличии существенных отклонений — просто не учитывать этот кадр.
Для типичной последовательности график исключений выглядит так:
Видно, что со временем разброс накапливается, т.к. каждый кадр сравнивается с первым. Также заметны резкие скачки, эти точки соответствуют ошибкам трекинга.
Итогом работы стали изображения:
Огорчает малая глубина резкости, но это тоже поправимо. Пусть с оговорками, но склеить из нескольких изображений с разной точкой фокуса, одно, с большей глубиной резкости вполне возможно.
Результат:
Все изображения кликабельны.
А вот пример работы на обычном объекте (золотой сережке).
«Сырой» кадр.
Обработка.
В эксперименте использовался «Цифроскоп» предоставленный компанией Даджет.
Источник